การบูรณะปฏิสังขรณ์ครั้งที่ 4 ในระหว่างปี พ.ศ.2544-2545 มีการส่งเรื่องของบประมาณในการบูรณะจากทางราชการแต่ไม่ผ่านกรรมการกลั่นกรอง ภาคเอกชนจึงจัดหาเงินซ่อมเอง โดยทางกรมศิลปากรจะช่วยดูแลเรื่องแบบแปลนให้
มีการเปลี่ยนเครื่องหลังคาและเปลี่ยนวัสดุมุงหลังคาเป็นกระเบื้องลอนเล็กสีขาว(มีลักษณะคล้ายสังกะสี) ดาดฝ้าเพดานด้วยตราด ไม้สะแบง จำนวนกว่า 1,000 1แผ่น เหนือบริเวณพระเมาลีของหลวงพ่อโตได้ขออนุญาตกรมศิลปากรเป็นกรณีพิเศษ ขอบุพื้นเพดานสี่เหลี่ยมขนาด 3.5 x 6 เมตร ลึกขึ้นไป 2 ชั้น โดยรอบปริมณฑลเพื่อความเหมาะสมสวยงาม เนื่องจากแบบแปลนเดิมนั้นเป็นการบุฝ้าเพดานตามแนวนอนตรงพื้นระนาบเสมอกันทุกด้าน ทำให้ยอดพระเมาลีติดฝ้าเพดานพอดี มองดูเหมือนยอดพระเมาลีของหลวงพ่อโตค้ำเพดานไว้ดูไม่เหมาะสม ซึ่งทางกรมศิลปากรยอมอนุโลมให้ตามคำขอ ฝ้าเพดานทาด้วยสีแดงเข้ม
พื้นพระอุโบสถเดิมเป็นพื้นคอนกรีต ขออนุญาตปูใหม่ด้วยไม้ ลงพื้นเคลือบเงาด้วยน้ำมันยูนิเทนชนิดทาภายนอกเพื่อความคงทนและสวยงาม
เปลี่ยนเสาพระอุโบสถด้วยไม้พันชาด จำนวน 8 ต้น เสาระเบียงด้านหน้า 4 ต้น เป็นไม้แต้ เปลี่ยนวงกบและบานประตูหน้าต่างใหม่ เป็นไม้พันชาดกับประดู่ แกะสลักลายไทยด้านนอกทาสีน้ำ ด้านในเคลือบน้ำยายูนิเทนวงกบสีน้ำตาลเข้ม
ระเบียงด้านหน้าและบันไดขึ้นลงทุกด้านปูพื้นด้วยเซรามิค ราวบันไดทำเป็นพญานาคในลักษณะเลื้อยลงทุกด้าน บันไดด้านหน้าพญานาคพันกระหวัดเสาระเบียงทั้ง 2 ด้าน ทาสีผนังและซุ้มประตูตามโทนสีเดิมทุกประการ ยกเว้นฝ้าเพดานระเบียงหน้าพระอุโบสถทาสีน้ำมันเป็นสีน้ำตาลทอง